Науковий архів Державної наукової установи «Енциклопедичне видавництво» є спадкоємцем наукового архіву Головної редакції «Української радянської енциклопедії». Він почав формуватися наприкінці 1950-х років, після третьої спроби започаткувати видання україномовного універсального довідкового видання — 17-томної «Української радянської енциклопедії», виданої у 1960–х роках. Значна частина документації, пов’язаної з функціонуванням Головної редакції «УРЕ», також зберігається в Центральному державному архіві вищих органів влади та управління України. Крім того, до колекції входять підготовчі матеріали до нереалізованого проекту з публікації «Української радянської енциклопедії» 1940–х років.
Основну частину колекції складають текстові матеріали до різних видань Головної редакції «УРЕ» (обидві версії «УРЕ», «Історія міст і сіл Української РСР», «Радянська енциклопедія історії України», «Енциклопедія кібернетики» та ін.), матеріали редакційного опрацювання рукописів, ілюстрації до них. Серед документів архіву — рукописи енциклопедичних статей за авторством Павла Тичини, Максима Рильського, Леоніда Булаховського, Олександра Білецького, Віктора Глушкова та інших знаних діячів української культури й науки XX століття. На багатьох документах містяться правки й нотатки Миколи Бажана як головного редактора «УРЕ».
Станом на 2019 рік фонди архіву перебувають в аварійному стані, оскільки з 1990-х років підвал, у якому вони зберігалися, не опалювався. Багато документів пошкоджено. Сайт архіву «Енциклопедичного видавництва» («Електронний архів УРЕ») призначено для публікації у вільному доступі оцифрованих матеріалів архівної колекції установи. На цьому ресурсі буде реалізовано систему пошуку атеріалів як за допомогою традиційних елементів архівного пошуку (фонд–опис–справа–аркуш), так і за тематичним принципом, ключовими словами, іменами авторів і пов’язаних персоналій. Документи планується пов’язати між собою гіперпосиланнями, що дозволить користувачам сайту ознайомлюватися з різними редакціями одного тексту.
«Електронний архів УРЕ» — перший веб-архів, у якому акумулюються редакційні матеріали одного з центральних видавництв України радянської доби, що робить його особливо цінним джерелом як із історії книговидання та видавничої справи загалом, так і історії цензури в УРСР.